Вот как вы можете использовать QueryBuilder для INNER JOIN.
SQLiteQueryBuilder queryBuilder = new SQLiteQueryBuilder();
queryBuilder.setTables("t1 INNER JOIN t2 ON t1.ID=t2.ID");
queryBuilder.query(db, new String[]{"t1.att1", "t2.att2"}, "t1.att1=? AND t2.att2=?", new String[]{"value1","value2"}, null, null, null);
«значение1» и «значение2» должны быть заменены правильными значениями.