Никакой магии, просто
my_process $(gcc -E *.c)
Обратите внимание, что я использовал форму $ (command), потому что обратные галочки не рекомендуется.
В качестве отступления: вы уверены, что хотите сделать это ? Вы помещаете весь вывод gcc -E в качестве параметров командной строки my_process. Не уверен, что это то, что вы хотите. Может быть, вы хотите использовать простую трубу
gcc -E file.c | my_process
, чтобы вывод gcc стал входом my_process.
В последнем случае что-то вроде
for c_file in *.c ; do
gcc -E $c_file | myprocess > ${c_file}.processed
done
сделает трюк.