Когда вы запускаете php-скрипт в командной строке, выполняется ли с правами чтения / записи текущего пользователя или как?
Да, это так.
Да, он работает с разрешениями текущего пользователя. Так же, как выполнение любой другой программы командной строки.
Да, он будет работать как текущий пользователь в настройках по умолчанию.
Если вы в системе Unix, вы можете изменить это, отрегулировав бит setuid двоичного файла php cli. Конечно, это было бы плохой идеей.