Вы не можете легко написать часть файла - в итоге вы переписываете весь файл. Если вы написали частичный файл, вам нужно будет искать начальную позицию, обрезать файл до этой длины (или обрезать, а затем искать / добавлять), а затем записывать новый хвост файла после неизменного начала. Файловые системы не поддерживают такие операции, как «удалить 329 байтов со смещением 193 и вставить 46 байтов после результирующего смещения 227».
Если ваш модуль (библиотека) YAML каким-либо образом сохраняет или делает доступными ведущие комментарии и пустые строки, то вы сможете легко их сохранить. Если нет, то вам, вероятно, придется выполнить работу самостоятельно - прочитать и сохранить строки комментариев, затем использовать YAML для разбора файла, затем написать сохраненные комментарии и замену YAML.