AFAIK, вам нужно будет скопировать оставшиеся байты (длина файла - 100) в новый файл. Удаление первых 100 байтов из файла невозможно без копирования оставшихся байтов в новый файл.
Редактировать: Как правильно заметил cdhowie, вы можете:
- искать 100,
- читать X количество байтов (хотя их больше 100)
- стремиться к 0,
- записать X количество байтов
Затем повторяйте процесс, пока не будет записан весь файл. Завершите работу, установив длину файла на 100 байт меньше, чем ранее. Если вы хотите быть в безопасности и не рисковать испортить исходный файл, возможно, стоит сначала записать его во временный файл.