Безопасным способом является использование временного файла:
cp -p /from/libfoo.so /target/libfoo.so.tmp
mv -f /target/libfoo.so.tmp /target/libfoo.so
Вам не нужно останавливать какую-либо программу для этого;и не будет никакого момента, когда в целевой директории нет libfoo.so.
Также иногда не мешает вызывать slibclean, чтобы сохранить память чистой.Используйте 'genkld |wc -l 'до и после него, чтобы проверить, что он что-то сделал.