Это два подхода к решению некоторых частично совпадающих сценариев.
Unity сияет, когда вы разрабатываете модульное приложение, в котором пользователи будут использовать подмножество модулей, а модули автономны.
MEF прекрасно работает, когда у вас много сторонних разработчиков, создающих плагины для вашего приложения, или несколько групп разработчиков, публикующих плагины.
Мы начали с Prism для основной функциональности и позже добавим MEF для функциональности типа Widget - идея заключается в том, что пограничные / специфичные для клиента функциональные возможности будут предоставляться в MEF-плагинах.
Обе структуры действительно легко начать (MEF, вероятно, немного "проще" с самого начала).
По моему мнению, это больше зависит от того, как структурирована ваша стратегия развития, а не от рассматриваемого приложения.