База данных объектов может лучше соответствовать вашим целям.
Например, db4o .
Или, для массивов объектов фиксированного размера, возможно, стоит поэкспериментировать с отображенным в память файлом, но для этого вам потребуется языковой интерфейс с API-интерфейсом ОС.
edit: или просто используйте ORM для отображения вашей коллекции в стандартную базу данных SQL. Они существуют для большинства языков. Например, у ruby есть activerecord, а у Java - hibernate.