Вы можете использовать этот шаблон:
/(->|::|call_user_func|call_user_func_callable).*\(.*\&\$/
Будет соответствовать следующим строкам:
'->($arg1, &$arg2)'
'->(&$arg1, $arg2)'
'::($arg1, &$arg2)'
'::(&$arg1, $arg2)'
'call_user_func($callback, &$arg2)'
'$callback, &$arg2)'
'call_user_func_callable $callback, &$param_arr)'
В случае call_user_func_callable
нет необходимости проверять, содержит ли массив параметров ссылки. Передача ссылок в массиве не считается передачей времени вызова по ссылке и вполне допустима.