EF должен создать свойство навигации для отношения «многие ко многим».Тогда вы сможете сделать что-то вроде этого:
var accounts = from a in Accounts
where a.Subscriptions.Any(s => s.SubscriptionType == "something")
select a;
Например, у меня есть простой БД с отношением многие ко многим между продуктами и группами: 
И EFсоздает ассоциацию в модели: 
Таким образом, я могу создать такой запрос (здесь, включая группы, чтобы я мог увидеть категорию):
