@ goliatone правильно, поместите все файлы HTML / JS, которые вы хотите использовать, в папку html-template.Когда вы запускаете / отлаживаете ваше приложение, все файлы будут помещены в bin-debug (или в выбранную вами папку) вместе с .SWF-файлом.
Иногда 'Project' -> 'clean 'может избежать некоторых проблем, подобных этим ...