Поместите это в settings.py:
DATABASE_ENGINE = 'mysql'
DATABASE_OPTIONS = {"init_command": "SET storage_engine=INNODB"}
UPDATE
Для Django> = 1.2 это должно быть написано так:
DATABASES = {
'default': {
'ENGINE': 'mysql',
'OPTIONS': {'init_command': 'SET storage_engine=INNODB'}
}
}