У меня возникла та же проблема, когда я создал XmlElement, как здесь
XmlElement xmlElement = myXmlDocument.CreateElement("MyElemenent");
myXmlDocument.AppendChild(xmlElement);
после этого я получил атрибут xmlns = "" после сохранения.
Если бы я использовал пространство имен документа, я мог бы подавить этот атрибут xmlns.
XmlElement xmlElement = myXmlDocument.CreateElement("MyElemenent",myXmlDocument.DocumentElement.NamespaceURI);
myXmlDocument.AppendChild(xmlElement);
Без пустого xmlns = "" мои SelectNodes больше не работали, потому что необходимо указать пространство имен. Решение для этого здесь (с использованием -xpath-with-default-namespace)