использование COM-интерфейса на основе графического интерфейса с приложениями на стороне сервера - колоссальное нет-нет. Либо кэшируйте / сохраняйте данные из xml в памяти, либо помещайте их в базу данных.
Я сосредотачиваюсь на вашем упоминании об управлении сервером. если вы используете .Net 3.5, используйте запрос Linq-to-XML к источнику xml и поместите результат в кэш asp.net с зависимостью кеша от исходного xml, это ваш лучший выбор. Если это пары ключ / значение для списка, это то, для чего был создан словарь.
Excel может быть хорошим ярлыком для многих задач автоматизации, но серверный и, вероятно, веб-контекст особенно плохо подходят. Специально для хранения обработанного XML.