Судя по тому, что вы получаете "# 1064 -" в качестве вывода, я могу найти только два места в источнике phpMyAdmin 3.3.9.2, где может возникнуть ошибка. Первый заключается в вызове mysql_error или mysqli_error, в зависимости от того, какой сервер использует ваша установка. Я вижу, вы сказали, что mysql_error отлично работает; если информационная страница phpMyAdmin, которую вы получаете при первом входе в систему, указывает на то, что mysqli используется, вы можете также проверить это.
Но если mysql_error работает, то, скорее всего, проблема в функции преобразования набора символов phpMyAdmin PMA_DBI_convert_message в библиотеки / database_interface.lib.php. Вы можете легко это подтвердить, вставив return $message; в самый верх этой функции, минуя все остальное. Если это заставляет его (более или менее) работать, вы, вероятно, захотите определить, какие значения $server_language и $GLOBALS['charset'] будут установлены; посмотрите, использует ли преобразование iconv, recode_string, libiconv или mb_convert_encoding; и затем попытайтесь выяснить, почему ни один из них не может правильно преобразовать сообщение об ошибке.