Преимущество загрузки его в виде плагина заключается в том, что вы можете интегрировать его с существующей установкой Eclipse. Если у вас уже установлено много других плагинов, это может быть полезно для вас.
Если вы хотите, чтобы Eclipse работал как можно быстрее, вам нужно просто загрузить очень простую версию Eclipse и установить только те части Aptana, которые вам действительно нужны. Вместо всего Aptana обычно имеет слишком много наворотов на мой вкус, я всегда отключаю немного в разделе General -> Startup and Shutdown.
Если вам просто нужен PDT, то установка Aptana, вероятно, ваш самый простой способ. Если вы также хотите установить cDT или что-то еще, тогда установка обычного пакета Eclipse может быть проще. Если вы хотите быстро, вам придется отключить некоторые плагины в любом случае. Aptana устанавливает больше, чем нужно по умолчанию.