Я полагаю, что для крупных проектов основной проблемой должен быть уровень сопротивления. Если оно очень большое, используйте ORM. Это повысит ремонтопригодность. Для PHP я предлагаю Doctrine2. Это в Symfony (если я не ошибаюсь), и это также легко совместимо с Zend Framework. Я предлагаю эти две рамки, а не торт.
Я не могу ответить дальше, так как я в основном использовал ZF и не использовал Cake.