Все должно работать хорошо, это просто говорит вам, что существует конфликт между версиями.
Разработчики заинтересованы в том, чтобы пользователи драгоценного камня имели хороший опыт, поэтому они сообщают нам, когда что-то происходит с системой, о которой мы должны знать.
Лучше иметь визуальный шум и знать, о чем идет речь, чем полностью спрятать ситуацию и удивляться, если что-то плохое случится.
Возможно, вы захотите запустить некоторый код модульного тестирования на той конкретной машине, которая использует Nokogiri для подтверждения. Всегда есть возможность, что Nokogiri попытается использовать вызов, который изменился или не существовал в одной из версий LibXML2, поэтому вы должны это подтвердить.
Если вы хотите получить больше информации о возможных проблемах, тогда список рассылки Nokogiri-Talk является хорошим источником. Разработчики следят за этим и могут ответить на любые ваши вопросы.