Да, я сталкивался с этой проблемой не раз. Это касается ресурса автора. Если у вас есть два разных TLP, изменение одного из них фактически перезапишет настройки (которые хранятся в файле * .resx) для другого.
Я погуглил это, как и полгода назад, и похоже, что мало кто сталкивался с этой проблемой - это происходит IIRC в VS 2005 SP3 и VS 2008 SP2.
Не думаю, что можно что-либо сделать, кроме как сохранить резервную копию файла resx и объединить ее после внесения изменений. Или обновление до VS 2010, который, как утверждается, не имеет этого дефекта (но я на самом деле его не тестировал, так что могу ошибаться).