Вам нужно сделать что-то вроде ниже.
1 - Сохраните столбец (скажем, IsReaded) в таблице базы данных, если вы используете какую-либо таблицу базы данных для хранения электронной почты.
1- Когда пользователь нажимает на электронное письмо, вам нужно обновить столбец в таблице базы данных на «Y».
вы можете выполнить эту задачу асинхронно, используя Ajax
2- Просто используйте этот Sql 'select count (1) из tblMessages, где IsRead =' N ''
3 - чем обновить метку счетчиком.