Как уже упоминалось в твиттере, (@adymitruk) у вас проблема с окончанием строки. Параметр AutoCRLF, вероятно, не установлен на «ложь», как должно быть - если вы не занимаетесь кроссплатформенной разработкой.
Решение состоит в том, чтобы установить значение false, исправить окончания строк, установить autocrlf в false, а затем зафиксировать. Когда это будет сделано, вы сможете скопировать эти файлы, а затем увидеть только реальные изменения.