svn ls -R создает дамп каждой папки, а не только корневой каталог. Но это не гарантирует, что показанный контент действительно действителен.
Одна вещь, которую вы должны сделать, это проверить все: от обоих репозиториев до двух чистых каталогов и выполнить рекурсивное сравнение в обоих деревьях каталогов (конечно, за исключением подпапок .svn). Если вам нужен совет для последнего шага, сообщите нам, с какой ОС вы работаете.
Конечно, это не проверяет историю версий, но гарантирует, что, по крайней мере, ничего из головной версии не пропущено.
Чтобы сделать некоторые выборочные проверки для истории версий, проверьте некоторые старые версии (например, некоторые помеченные версии) и сравните их так же, как описано выше.