как вы называете свой Perl-скрипт? если вы просто делаете системный вызов, то вы можете только вернуть строку вывода.
Вы можете посмотреть, как обернуть ваш вызов в mex-файл или записать .mat-файлы из вашего perl, но я подозреваю, что анализ строки может быть проще, особенно для небольших массивов
EDIT
думаю, что я однажды в аналогичной ситуации (должен был перенести данные в matlab) должен был создать файл .m, который создает матрицу matlab, т.е.
array = [
1, 2, 3;
4, 5, 6;
];
и сохранить на диск. когда программа была закончена, я просто вызвал m-файл, чтобы получить данные в мое рабочее пространство