Вы имеете в виду, когда вы добавляете index.jsp в проект, все равно при запуске проекта он начинается с WelcomeICEfaces.iface?
В этом случае вам нужно изменить тег welcome-file-listследующим образом:
<welcome-file-list>
<welcome-file>index.jsp</welcome-file>
</welcome-file-list>