Первый создает то, что называется MFC " Extension DLL ".Ключевым отличием здесь является то, что эта DLL доступна только для программ MFC и других DLL, которые используют MFC.Его открытый интерфейс может передавать типы MFC между DLL и ее клиентами.
Второй создает " Regular DLL ", который связывается с MFC.Он может использовать MFC для внутреннего использования, но предоставляет независимый от MFC интерфейс, поэтому программы, не относящиеся к MFC, также могут его использовать.
Есть и другие различия, о которых вы можете прочитать на связанных страницах.