Для RemoteGraphDatabase есть реализация IndexService, которая называется RemoteIndexService.Чтобы использовать его, вам необходимо сначала создать и предоставить IndexService на сервере:
EmbeddedGraphDatabase graphDb = ...
IndexService index = new LuceneIndexService(graphDb);
BasicGraphDatabaseServer server = new LocalGraphDatabase(graphDb);
server.registerIndexService(index, "lucene index");
// Expose the server through RMI as usual...
Затем на стороне клиента вы должны сделать:
RemoteGraphDatabase graphDb = ...
IndexService index = new RemoteIndexService(graphDb, "lucene index");
// business as usual...
Следующее обновление RemoteGraphDatabaseбудет использовать новый индексный API Neo4j, представленный в 1.2, который сделает это намного более удобным.