Вы можете просто использовать службу с двумя конечными точками, например:
<services>
<service name="MyNamespace.MyService">
<endpoint address="/Service/S1"
binding="basicHttpBinding"
contract="IService1" />
<endpoint address="/Service/S2"
binding="basicHttpBinding"
contract="IService2 " />
<host>
<baseAddresses>
<add baseAddress="http://localhost:8080/"/>
</baseAddresses>
</host>
</service>
</services>
РЕДАКТИРОВАТЬ: добавлен базовый адрес