Вам нужно будет загрузить файл, используя метод Class.getResourceAsStream ()
Например,
InputStream str = getClass().getResourceAsStream("/UPDATE.txt");
Или, если вы используете статический метод, укажите класс явно
InputStream str = MyApp.class.getResourceAsStream("/UPDATE.txt");
РЕДАКТИРОВАТЬ:
С StreamSource
просто передать входной поток в источник потока, например,
new StreamSource(getClass().getResourceAsStream("/UPDATE.txt"));
Но будьте осторожны, getResourceAsStream возвращает ноль, еслиресурс не существует, поэтому вы можете явно проверить это и выдать исключение.