почему бы не создать веб-сервис, который принимает такой объект, как:
class postfile
{
public byte[] fileByte;
public string fileName;
}
Затем добавьте веб-ссылку в ваше клиентское приложение.
.net будет сериализовать объект для вас.
Вам потребуется защитить это с помощью wse security, и для записи файла на сервер может потребоваться олицетворение использования службы.