Если кому-то интересно, есть обходной путь, чтобы ваше приложение не отключало все.Выполнение следующих действий приведет к отключению клавиш регулировки громкости, а уведомления о входящих вызовах останутся в соответствии с настройками системы (вместо принудительного отключения звука).
setVolumeControlStream(AudioManager.STREAM_DTMF);
AudioManager audioManager = (AudioManager) getSystemService(Context.AUDIO_SERVICE);
audioManager.setStreamMute(AudioManager.STREAM_DTMF, true);