Чтобы ответить на ваш второй вопрос:
Afterthought: is there a way to run the script automatically or on
завершение успешной загрузки ftp в рассматриваемый каталог?
Это зависит от типа сервера, который вывы работаете, так как вы программируете на PHP, я предполагаю, что это машина на основе Unix или Linux, и в этом случае вы захотите прочитать о CRONTAB, который является обычным способом запуска скриптов в определенное время,
Со стороны сервера будет сложно узнать, когда клиент завершил загрузку через FTP, поскольку вы, вероятно, действительно не знаете, сколько файлов они могут загрузить.