Я не знаю инструмента, который делает это вне блока, но это не должно быть так сложно.
Спецификация формата файла VMDK доступна, и формат не такой сложный. Насколько я помню, файл VMDK состоит из большого количества блоков по 64 КБ. В начале файла VMDK есть некоторый каталог, который содержит информацию о том, где в физическом файле хранится логический блок.
Должно быть довольно легко обнаружить, что логический блок хранится в обоих файлах, а затем сравнить данные в двух версиях файла VMDK.