Он обрабатывается как PCDATA, так как это XHTML (XML). Отметьте его как CDATA для Когда в теге скрипта необходим раздел CDATA? , и с вами должно быть все в порядке:
<script type="text/javascript">
//<![CDATA[
...code...
//]]>
</script>
В качестве альтернативы вы можете прекратить попытки использовать XHTML с использованием HTML 5 или добавить код во внешний файл JS, если это возможно.