Терминал - это GUI; он предоставляет вам доступ к оболочке, пока вы еще находитесь в оконной системе. Я не знаю, что бы вы хотели, чтобы этот другой графический интерфейс делал для вас Терминалом. Вам все равно нужно будет указать путь к файлу для этой другой программы, который затем будет загружен для выполнения, и ему все равно потребуется открыть стандартный ввод / стандартный вывод и т. Д.
Однако, если у вас есть исходный код, вы можете использовать IDE. Затмение хорошо подходит для этого, но есть много других.