Чтобы сделать IN в sql, вам нужно использовать функцию Contains в Linq.
Так, например:
var query = from x in GetX()
where (from y in GetY() select y.xID).Contains(x.xID)
select x;
Вы также можете определить внутренний запрос linq отдельно, если хотите, который немного более читабелен