Поскольку вы использовали отражение:
Set set = new HashSet();
Field size = HashMap.class.getDeclaredField("size");
size.setAccessible(true);
Field map = HashSet.class.getDeclaredField("map");
map.setAccessible(true);
size.set(map.get(set), 16);
System.out.println("Found " + set.size() + " tokens...");
Если серьезно, то я могу думать только так, что вы получите эти результаты, предполагая, что вы используете стандартный HashSet, а не какой-то сторонний. Теперь я не могу себе представить, что вы будете использовать рефлексию, чтобы сделать это, и все же не поймете свои результаты, поэтому я предполагаю, что вы ошибаетесь в том, что говорите нам (например, set на самом деле не локальный, но доступно из другой ветки).