Все, что вам нужно, это сгенерировать проект XCode для проекта OpenCV с помощью инструмента cmake или cmake gui.
Не забудьте установить опцию для генерации проекта XCode вместо опции по умолчанию для использования CMakeFiles.
Откройте созданный проект, измените базовый SDK на iPhone SDK и нажмите build!
Поскольку OpenCV в настоящее время не поддерживает iOS (но они объявили о поддержке iPhone в версии 2.2), библиотека highgui не будет компилироваться. Поэтому, если вам нужен доступ к камере, вы должны написать это самостоятельно.
В любом случае, другие библиотеки должны компилироваться и работать на устройстве. (У меня работает).