Если вы случайно добавили в индекс файл, который хотите удалить из индекса (но не удалили из истории git), используйте:
git reset HEAD <file>
Кроме того, вы можете заметить, что когда вы выполните git status
, git на самом деле скажет вам следующее:
$ git status
# On branch master
# Changes to be committed:
# (use "git reset HEAD <file>..." to unstage)
#
# modified: my_file
#
$