Оба служат разным целям.
1) если вы хотите использовать его только для удаленного использования методов, просто используйте Session Bean
2) но если ответ / результат не имеет значения, но последующее сообщение имеет значение для вас, перейдите к JMS, поскольку он создает очередь, чтобы заставить ее работать и установить сообщение. но проблема производительности будет там.
если вам нужно использовать только метод, просто используйте Session bean, так как это легкий компонент. и это дает хорошую производительность.