См. Наш Smart Differencer для инструментов, которые сравнивают файлы языков программирования в соответствии со структурой, а не строками текста. Таким образом, пробелы (включая разрывы строк, если они являются пробелами на вашем языке), включая комментарии, игнорируются.
Эти инструменты работают путем анализа исходного кода, чтобы определить его структуру.
Существуют SmartDifferencer для C и C ++. Не один для Perl. Perl трудно разобрать: -}