Без дополнительной информации или подробных примеров кода, я думаю, что эта проблема связана с GCed подписчиком.
В этом блоге описывается возможный сценарий, в котором это может произойти. Если это так, просто убедитесь, что подписчик не GCed, сохранив ссылку на него или передав параметр keepSubscriberAlive = true при подписке на событие.
Вы также должны убедиться, что экземпляр EventAggregator, который вы получаете в обоих модулях, один и тот же. Для этого вы можете использовать GetHashCode.
Надеюсь, это поможет.
Спасибо,
Damian