(Примечание: я работаю в PreEmptive Solutions в команде Dotfuscator.)
Вероятно, у вас более старая версия Dotfuscator (несмотря на поведение, которое вы видите в разделе «Проверка обновлений»). Dotfuscator работает со сборками, нацеленными на 4.0.30319, и имеет с момента выпуска VS2010 (и мы поддерживали сборки, нацеленные на различные бета-версии VS2010, так как они были выпущены).
Используете ли вы бесплатную версию, включенную в Visual Studio? Если это так, версия, включенная в VS2008, не будет поддерживать сборки .NET 4.0, а также не будет указывать на наличие обновлений. Это будет версия как Community Edition v4.x.
Бесплатная версия в VS2010 будет обрабатывать целевые сборки 4.0.30319 и будет иметь версию Community Edition 5.x.
Профессиональные выпуски Dotfuscator поддерживают сборки против 4.0.30319 с апреля 2010 г. (http://www.preemptive.com/support/dotfuscator-support/dotfuscator-pro-change-log/272)
Пожалуйста, дайте мне знать, какую именно версию Dotfuscator вы используете, если это версия Community Edition для VS2010 или профессиональная версия.