Вы можете удалить файлы на FTP-сервере, используя команды FTP delete или mdelete. Я не знаю, как выбрать старые файлы в качестве серверной операции, поэтому одним из вариантов было бы сделать FTP ls, чтобы получить список файлов на сервере, а затем проанализировать вывод, чтобы подобрать те файлы, которые старше указанной вами даты. Затем удалите каждый из них с помощью команды FTP.
Если у вас есть локальная копия всех файлов, то, вероятно, проще создать список файлов локально, используя find, а затем удалять их по одному с сервера.
Если у вас есть некоторый контроль над FTP-сервером, то использование rysnc вместо FTP, вероятно, будет проще.