Я обычно использую параметр --user
вместо --prefix
, поскольку он устанавливает его в ${HOME}/.local/lib/pythonx/site-packages
и, следовательно, не требует добавления пути к sys.path.
Я думаю, что эта опция доступна только для Python 2.6 +, но я не уверен.
Если вам нужно установить его в другом месте, то у вас нет выбора, и я не знаю, что может быть не так.
Кстати, возможно, размещение некоторого примера кода (просто чтобы увидеть, где именно находятся файлы и как вы пытаетесь их импортировать), прояснит "ошибку".