Это более или менее вопрос личных предпочтений: jQuery, MooTools, Prototype и другие JavaScript-фреймворки устраняют многие несовместимости браузеров и упрощают многие общие задачи, для которых используется JS, и, следовательно, сокращают время разработки.
ИМХО, если вы используете JS для обычных задач «эффекты, AJAX, входные виджеты, предварительная проверка», такой фреймворк, как jQuery, гораздо быстрее и проще в использовании, чем развертывание собственной реализации.Недостаток загрузки еще одного файла сценария и учета его лицензии незначителен по сравнению с гибкостью и эффективностью, которые он дает.
(также, большинство фреймворков имеют плагины для различных сложных задач, но это немного выходит за рамкивопроса)