Я никогда ничего не создавал с использованием SQL Lite, поэтому я не могу много сказать за это. Однако я создал несколько коммерческих приложений, используя Compact Edition, и у меня не было серьезных проблем.
Вы не можете пакетировать команды с CE, а синтаксис такой же, как у Sql Server (со многими отсутствующими функциями, но есть наиболее часто используемые функции, и у меня никогда не было проблем без обходных путей) .
Я действительно использовал ее только как «автономную» базу данных в приложении для компании, которая отправляет специалистов по ремонту. Приложения запускаются на нетбуках и загружают свои данные из базы данных MySql всякий раз, когда доступно мобильное соединение, поэтому они по-прежнему имеют доступ к своей работе, когда у них нет мобильного покрытия.
Из-за своего сходства с SQL Server, Compact Edition, вероятно, будет более удобной отправной точкой. Поскольку вы используете локальный файл базы данных, вы, вероятно, не достигнете предела 4 ГБ (при очень небольшом сокращении мои мобильные базы данных редко превышают 20 МБ) - и если вы достигаете этого предела, вы можете рассмотреть возможность использования базы данных на основе служб (например Экспресс) вместо.