Понятия не имею, как это сделать в Fluent, но поскольку вы храните данные в объединяющей таблице, вам нужно перейти от «Многозначного к одному» от CustomerPricing к Customer и Product.В файле hbm.xml сопоставление для CustomerPricing будет выглядеть следующим образом:
<many-to-one name="Product" column="ProductID" not-null="true" />
<many-to-one name="Customer" column="CustomerID" not-null="true" />
Затем в своем классе Customer (или в обоих, если необходимо) вы добавите:
<set name="CustomerPricing" table="CustomerPricing" inverse="true">
<key column="CustomerID"></key>
<one-to-many class="CustomerPricing" />
</set>