StructureMap и T4MVC являются в основном ортогональными технологиями, поэтому использование их в одном приложении не должно сильно отличаться от их использования по отдельности.
Если вы столкнулись с определенной проблемой при попытке использовать их в одном и том же приложенииприложение, пожалуйста, добавьте больше деталей к вашему вопросу.