Я страдаю так же и найду твой вопрос.Жаль, что он так и не ответил с тех пор, как он был опубликован так давно ...
Однако, возможно, мой простой тест поможет.Если вы используете [currentScene addChild:[PauseLayer node]];
или даже [currentScene addChild:[PausePage scene]];
, вы увидите, что меню паузы правильно перекрывается на исходной сцене.Возможно, вам придется использовать эту альтернативу, если только у cocos2d нет возможности перерисовать все сцены в стеке, а не самые верхние.
Много другой работы, хотя, например, приостановить исходную сцену, обработать событие касания,и т.д.