Ответ действительно зависит от того, какой язык программирования вы намереваетесь использовать. Не зная, какой язык вы намереваетесь использовать, я не могу точно сказать вам, как это сделать, но могу указать вам верное направление.
Для создания прототипа я рекомендую использовать Python с модулем PySerial . Это очень легко настроить и быстро написать функциональный прототип. Python будет работать в Windows, Linux и OS X. Таким образом, вам нужно всего лишь один раз написать код последовательной связи, и вы сможете протестировать его на всех своих платформах.
Документация PySerial содержит несколько примеров того, как читать и писать в порт.
Если Python не работает для вас на производстве, я все равно рекомендую придерживаться языка программирования, который имеет кросс-платформенную библиотеку последовательных портов, если это возможно.
Вот вопрос, который уже задавался о кроссплатформенной библиотеке последовательного порта для C: C: кроссплатформенная библиотека последовательного порта RS-232?